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16年前，射手座黄金圣斗士艾欧洛斯怀抱真正的女神转世雅典娜逃出圣域，途中遭到双子座撒卡和摩羯座修拉的阻击身负重伤。命运的趋势下，垂危一线的艾欧洛斯将女神托付给刚好来喜马拉雅山脉探险的日本城户财团总裁城户光政（大杉涟 配音）。知晓前因后果的光政将女神带回日本，并为之起名沙织，以孙女的名义将其抚养长大。接受命运和女神的感召，经过艰苦训练的星矢（石川界人 配音）、紫龙（赤羽根健治 配音）、冰河（小野贤章 配音）、瞬（冈本信彦 配音）等少年相继回到日本，如今他们已成长为足以独当一面的圣斗士。
与此同时，奉教皇之命的刺客接二连三从圣域来到日本，一场足以载入史册的正邪之战就此拉开序幕……