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又一个暑假到来，大雄、静香、胖虎和小夫组成一个小组，共同进行海洋研究。在图书馆查资料时，大雄被《金银岛》的精彩故事所吸引，竟突发奇想打算出海寻找宝藏。适值此时，南太平洋海域传来发现宝藏的消息，哆啦A梦经不住大雄的软磨硬泡，同意展开这次寻宝大冒险。小伙伴们相继聚到一起，将目标锁定在加勒比海域一个名叫多摩斯的小岛上。他们的旅程原本充满乐趣，但是意外很快便发生。小伙伴们遭遇时空错乱，阴差阳错来到了17世纪。大雄被浪头冲走，下落不明。哆啦A梦等人被一艘海盗船救下，却弄丢了一次元空间袋。
海盗船船长吉德正准备前往金银岛寻找失踪的哥哥和侄子。哆啦A梦他们随船前往，殊不知更大的冒险即将到来……